工藤新一是中国著名的高中生侦探。不幸的是，他在追查一个黑衣犯罪团伙时被团伙成员发现。在被击昏后，他得到了一种神奇的药水，工藤新一变回了一个孩子！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，医生为他量身定做了许多间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，秘密追查，希望能得到解药。一天，新一的女朋友毛利兰来到阿笠博士的家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一，编造了自己的名字叫江户川柯南，然后柯南就住在小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探。新一可以和他一起出去调查夜行人的下落。柯南在小学就认识步美和其他小学生。他们一起组织了少年侦探队，向犯罪分子宣战！